La cosa migliore sarebbe fare tutto via USB MIDI usando il Mac come router, ovvero Master ->Mac ed anche Expander->Mac, così cosa suonare di volta in volta lo decide il Mac/Mainstage (o altra app/DAW) ed hai il massimo della flessibilità. Il collegamento diretto MIDI DIN potresti tenerlo solo per quelle occasioni in cui non usi il Mac.
In alternativa, restando sulla configurazione di collegamento diretto master-expander via MIDI DIN "fisso", puoi collegare la master via USB anche al Mac e gestire canali MIDI distinti dalla master, come avevi pensato. Guarda il manuale della MAudio-Code e on il suo editor non dovrebbe esserti difficile creare un paio di Preset configurati in quel senso.