Non ho Mac e neanche Logic, quindi spero intervenga anche qualcun altro.
In generale, con qualunque DAW, puoi decidere tu la cartella dove vengono fatti i salvataggi, sia dei progetti che dei vari file audio che genererai (che poi sono quelli che prendono spazio).
Quindi non dovresti aver problemi a fare quello che vuoi tu.
La cosa che ti consiglio è di prenderne due di hard disk esterni e ogni tanto fare il backup.
Io (mi vergogno a raccontarlo) anni fa, avevo una impostazione come quella che vuoi fare tu. Mi cadde in terra l'hard disk esterno e persi tutto