Ciao,
ti premetto che ho sempre lavorato poco con i midi file per cui, probabilmente, non riuscirò ad esserti utile.
Per prova ho aperto uno dei pochi midi file che ho con Logic X il quale ha assegnato correttamente i suoni in ogni traccia; in seguito ho modificato qualche nota e l'ho esportato come un nuovo midi file; aprendolo con un altro programma in grado di leggere correttamente i midi file (Qmidi), ho potuto verificare che i suoni sono stati assegnati correttamente anche in Qmidi per cui l'esportazione in Logic X è andata a buon fine.
Nel file midi devi controllare, tramite il list editor, che, nella prima misura di ogni traccia, siano presenti i control change che fanno si che ad ogni traccia siano assegnati i corretti strumenti e le regolazioni relative a panpottagio, volume, presenza o meno di effetti. Ad esempio di seguito ti riporto i CC presenti in una traccia del brano oggetto del mio esperimento:
1 1 1 1 Program 6 ÷ 50 Syn. Strings1
1 1 3 46 Control 6 7 69 Volume
1 1 3 46 Control 6 10 64 Pan
1 1 3 51 Control 6 11 127 Expression
1 2 1 41 Control 6 93 20 Chorus Send Level
1 2 1 41 Control 6 91 80 Reverb
1 2 1 46 Control 6 101 0 Reg.Par. MSB
1 2 1 46 Control 6 100 0 Reg.Par. LSB
1 2 1 51 Control 6 101 127 Reg.Par. MSB
1 2 1 51 Control 6 100 127 Reg.Par. LSB
1 2 1 51 Control 6 6 2 Data MSB
1 2 1 56 Control 6 1 0 Modulation
1 2 1 56 PitchBd 6 0 64 = 0
Quindi, dopo le modifiche da te apportate alle tracce, salverai il tutto in formato midi, se non hai cancellato i CC presenti all'inizio di ogni traccia, qualsiasi programma o expander in grado di interpretare correttamente il formato GM deve riuscire a riprodurre ed assegnare i corretti suoni.