Ogni traccia MIDI ha il suo canale. Non so perchè sei andato a cambiarlo, ma sono quasi sicuro che non lo dovevi fare se vuoi usare il sequencer nella maniera 'classica' e basilare come mi è parso di capire.
-Scegli il timbro della traccia 1 (che di default è sul canale midi 1). Record, suoni quello che devi suonare, stop.
-Cambi traccia (nel mezzo, fra i timbri delle tracce e il nome della song, puoi scegliere la traccia midi attiva SENZA CAMBIARE NESSUN CANALE MIDI), scegli il timbro, record, suoni, stop.
Ora le due tracce suoneranno contemporaneamente, ciascuna sul suo canale di default.