Non avendo il pc-3 posso solo tirare ad indovinare: probabilmente hai assegnato qualche CC a funzioni che in Mainstage vengono già assegnate di default con quel CC. Ad esempio: volume, sustain ecc, ma anche cutoff e filtri sono in MS e nei suoi strumenti collegati di default ad alcuni CC. Ora, se tu assegni alcuni strumenti nell'editor, per esempio, allo swell e il pc-3 su quel controllo manda lo stesso CC che MS associa al volume, può capitare che modifichi entrambi i valori. Ad occhio direi che è il tuo problema (a me è successo con un arturia ae laboratory). Risolverei mappando diversamente i CC della master...