Avevo capito che tu avevi un Raptor che usi per i dati in generale (sempre relativi ai tuoi progetti) ed il disco di sistema da 7200 RPM su cui poi mettevi anche i file di progetto.
Quindi se ho ben capito hai 2 Raptor (uno di sistema ed uno con i dati) ed un disco a 7200 RPM da 500 GB.
1) Non solo non è una cosa cattiva, ma è la cosa migliore da fare. La regola generale è programmi e dati il più possibile separati. Per non fare confusione, per semplificare i backup ed un'eventuale creazione di un'immagine di ripristino del sistema, ed in generale per tenere il tutto più in ordine. Ed anche per sicurezza, metti che un virus o qualche programma che "impazzisce" rovinano il file system, se questi sono residenti sul medesimo disco dove tieni i dati il rischio aumenta (ed un virus, quando incapace di infettare direttamente lui i master boot record di tutti i dischi collegati al computer, può essere veicolato su un disco dati dai programmi che vi sono installati e che vengono eseguiti, anche se l'infezione parte dal disco di sistema). Da buon informatico considero sempre la legge di Murphy, ovvero che se qualcosa può andar storto lo farà. Tenendo separate le cose si complica un po' la vita a Murphy. E ci si semplifica la propria, che non è male
2) Piuttosto io terrei OS e programmi sul Raptor di sistema, librerie, progetti e dati correlati sull'altro Raptor, e rendering o mixdown (presumo in WAV), che sono quelli più pesanti e che tutto sommato non richiedono queste grandi prestazioni perché una volta scritti non li tocchi più nel progetto, sul disco da 500 GB. Bisogna separare i dati anche in base a quanta perdita si subisce in caso di "catastrofe". I rendering in WAV/MP3 li rifai in un tempo ragionevole e se li perdi non è così catastrofico. Ma se perdi i progetti e/o i dati a loro correlati, che sono la sorgente dei tuoi rendering, è un altro paio di maniche. Questo non toglie che, e probabilmente lo fai già, un backup anche dei rendering non è affatto di secondaria importanza.
Per quanto riguarda la velocità non noti praticamente differenza, perché comunque quando tu apri un progetto di Reaper questo non ti carica in memoria anche il rendering. Lui legge il file di progetto (che è facile che sia addirittura un file di testo XML o qualcosa del genere), carica tutti i componenti (campioni, ecc...) ivi elencati e prepara le tracce in base a quanto specificato in detto file (note, posizioni dei campioni, dinamiche, ecc...). È intuitivo che il maggior lavoro di lettura dal disco viene fatto al caricamento dei componenti del progetto, e non alla lettura del suo file di definizione.
3) Questo è importante
. La reinstallazione del sistema è una perdita relativa, però i dati DEVONO essere al sicuro. Anni fa ho subito una perdita di dati a causa di un tecnico distratto che mi ha formattato l'hard disk senza prima sincerarsi se avevo fatto un backup (all'epoca avevo 12 anni ed il PC che avevo era ancora in garanzia quindi ho dovuto per forza riportarlo al negozio). Io ho perso tutti i miei lavori di scuola, i miei tutta la loro corrispondenza, le E-Mail, la contabilità, ecc... Non è stato per niente edificante.
4) Non è questione di non capirci, è solo questione di avere un po' le idee chiare su come organizzarsi. Sembra evidente ma per certi versi ci si arriva solo dopo un po' di tempo che si lavora, perché le proprie strategie di archiviazione migliorano mano a mano.