Non ho mai messo mano su Equinox, ma se in qualche modo rispecchia la concezione della S, puoi gestire fino a 32 canali midi differenti, contando che i primi 16 vanno sul primo midi out e gli altri 16 sul secondo midi out.
Quindi crei una o più performance in cui ognuna delle parti che la compongno viene indirizzata sul set midi out che preferisci.
Esempio
Performance 1
layer con due suoni
il primo viene indirizzato al midi out 1, canale midi 1, expander A
il secondo viene indirizzato al midi out 2, canale midi 1 expander B
in questo modo avrai una stratificazione dei due suoni dei due differenti expander.